Typickými půdami velké části Milešovského a části Verneřického středohoří jsou eutrofní kambizemě (hnědé půdy a vysokým obsahem živin) a jejich kombinace s lesními a jílovitými půdami. Pro východní část Verneřického středohoří a sníženinu mezi Verneřickým středohořím a Děčínskou vrchovinou jsou charakteristické pseudogleje (pravidelně vysychavé a zavlažované půdy). Jihozápadní část Milešovského středohoří se vyznačuje výskytem úrodných černozemí.
