Rada AOPK ČR byla ustanovena jako poradní orgán s cílem otevřít profesionální ochranu přírody zainteresované veřejnosti z řad uznávaných osobností zejména z oblasti vědy, zákonodárců, veřejné správy a neziskového sektoru. Vedle zpětné vazby bude Rada i inspirací při koncepční a strategické práci organizace. Rada je platformou pro výměnu názorů, znalostí a zkušeností, výsledkem jednání Rady jsou doporučení Rady řediteli AOPK ČR. Členství v Radě AOPK ČR je čestné, bez nároku na odměnu.

Přehled externích členů Rady Agentury ochrany přírody a krajiny ČR:

prof. RNDr. Vladimír Bejček, CSc. – zoolog, děkan Fakulty životního prostředí České zemědělské univerzity, předseda Rady AOPK ČR
RNDr. František Pojer – tajemník a místopředseda Rady AOPK ČR
Ing. Miroslav Zámečník – ekonomický expert, bývalý zástupce ČR ve Světové bance
doc. Ing. Tomáš Vrška, Dr. – expert v lesnické ekologii a pěstění lesa Mendelovy univerzity, ředitel Školního lesního podniku Masarykův les Křtiny
Adolf Vondrka – majitel a jednatel firmy Rybniční hospodářství, s.r.o.
Mgr. Milan Šťovíček – ředitel Schola Humanitas v Litvínově, bývalý poslanec a starosta Litvínova
prof. Ing. Dr. Bořivoj Šarapatka, CSc. – krajinný ekolog a pedolog, Univerzita Palackého Olomouc, Přírodovědecká fakulta, bývalý poslanec
prof. RNDr. David Storch, CSc. – biolog a ekolog, Centrum pro teoretická studia Univerzity Karlovy a Akademie věd České republiky
prof. Ing. Petr Sklenička, CSc. – krajinný ekolog, rektor České zemědělské univerzity
PhDr. Ivan Rynda – sociální a kulturní ekolog, Fakulta humanitních studií UK, vedoucí katedry, bývalý poslanec
Daniel Pitek – soukromý zemědělec, držitel Ceny Josefa Vavrouška
Petr Orel – bývalý senátor, záchranná stanice Bartošovice, Dům přírody Poodří
Ing. Petr Moucha, CSc. – expert v ochraně přírody, dlouholetý náměstek ředitele Správy chráněných krajinných oblastí, bývalý vedoucí Správy CHKO Český kras
prof. RNDr. Bedřich Moldan, CSc. – ekolog, zástupce ředitele Centra pro otázky životního prostředí UK, bývalý ministr ŽP
JUDr. Svatomír Mlčoch – právní expert, bývalý náměstek ministra ŽP
doc. RNDr. Ladislav Miko, Ph.D. – zástupce Evropské komise na Slovensku, bývalý ředitel pro ochranu přírody Generálního ředitelství pro životní prostředí, bývalý ministr ŽP
Ing. Zbyněk Linhart – senátor, předseda výboru pro územní rozvoj, veřejnou správu a ŽP
Ing. Michal Kučera – poslanec, předseda zemědělského výboru
Ing. Jana Krutáková – poslankyně, předsedkyně výboru pro ŽP
prof. RNDr. Pavel Kovář, CSc. – geobotanik, bývalý děkan Přírodovědecké fakulty UK
Mgr. Vojtěch Kotecký, Ph.D. – biolog, Centrum pro otázky životního prostředí UK, držitel Ceny ministra ŽP
Ing. Dan Jiránek – Svaz měst a obcí, bývalý primátor Kladna
prof. Dr. Ing. Libor Jankovský – děkan Lesnické a dřevařské fakulty Mendelovy univerzity v Brně
prof. RNDr. Helena Illnerová, DrSc. – fyzioložka, bývalá předsedkyně AV ČR a České učené společnosti
doc. RNDr. Jan Hradecký, Ph.D. - děkan Přírodovědecké fakulty Ostravské univerzity 
Ing. Jan Hřebačka – expert v ochraně přírody, bývalý ředitel Správy KRNAP
PhDr. Robin Böhnisch – ředitel Správy KRNAP
Mgr. Richard Brabec – poslanec, bývalý ministr ŽP 
RNDr. Libor Ambrozek – botanik, předseda ČSOP, bývalý ministr ŽP