Zvláštní ochrana druhů vychází z páté části zákona č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny. Definuje ji jako ochranu druhů rostlin a živočichů, které jsou v našich podmínkách ohrožené nebo vzácné, vědecky či kulturně velmi významné. Takové druhy jsou vyhlášeny za zvláště chráněné. Platí pro ně přísnější režim ochrany a dle stupně ohrožení je rozdělujeme do tří kategorií (ohrožené, silně ohrožené a kriticky ohrožené). 

Výčet takto chráněných druhů je uveden v příloze II. a III. vyhlášky č. 395/1992 Sb. Od roku 1992 byl tento seznam aktualizován pouze dílčím způsobem v rámci implementace evropských směrnic a v současné době vyžaduje celkovou revizi. V aktuální podobě seznam obsahuje 532 druhů rostlin včetně hub a 309 druhů živočichů. Podobně jako u ptačích druhů je u zvláště chráněných druhů chráněný každý jedinec ve všech jeho vývojových stádiích, chráněn je rovněž jejich biotop. Je zakázáno škodlivě zasahovat do přirozeného vývoje zvláště chráněných živočichů, zejména je chytat, chovat v zajetí, rušit, zraňovat či usmrcovat a dále provádět veškeré aktivity související s jejich komerčním využíváním. Není dovoleno sbírat, ničit, poškozovat či přemisťovat jejich vývojová stádia nebo jimy užívaná sídla. V případě zvláště chráněných druhů rostlin je zakázán jejich sběr, trhání, vykopávání, poškozování, ničení nebo jiné rušení ve vývoji vč. držení, pěstování, dopravování a komerční využívání těchto rostlin. Z uvedených zákazů lze v konkrétních případech povolit výjimku.  

V současné době jsou zvláště chráněné druhy rozděleny do tří kategorií:

  • Kriticky ohrožené druhy
  • Silně ohrožené druhy
  • Ohrožené druhy

Z pohledu zákona není rozdíl mezi ochrannými podmínkami kriticky a silně ohrožených druhů a tak tyto kategorie spíše vyjadřují míru jejich vzácnosti a ohroženosti.

U kategorie ohrožených druhů je rozdíl, zda se jedná o rostliny nebo živočichy. Pro ohrožené druhy rostlin platí, že nájemci a vlastníci mohou prolomit výše uvedené zakázané činnosti v souvislosti s běžným obhospodařováním svých pozemků bez nutnosti dalšího povolení, blíže viz § 49 zákona o ochraně přírody a krajiny. U ohrožených druhů živočichů je situace odlišná (§ 50 zákona). V případě zásahu do přirozeného vývoje těchto živočichů je při činnostech souvisejících s běžným obhospodařováním nemovitostí nebo jiného majetku nezbytné předchozí stanovisko orgánu ochrany přírody. Obdobně se postupuje i u zásahů z důvodů hygienických, ochrany veřejného zdraví a veřejné bezpečnosti anebo leteckého provozu.

Zákon o ochraně přírody a krajiny dále upravuje podmínky držení, chovu, pěstování, prodeje, výměny nebo nabízení za účelem prodeje nebo výměny nebo zpracování zvláště chráněných druhů. Každý, kdo tímto způsobem nakládá se zvláště chráněným jedincem, musí být schopen prokázat jeho legální původ. Upravena je také povinnost evidence zvláště chráněných druhů živočichů chovaných v lidské péči. U zvláště chráněných druhů odchovaných/vypěstovaných v lidské péči je omezeno jejich volné vypouštění/vysazování do volné přírody. 

Trsy kosatců sibiřských se sytě fialovými květy rostou na louce v CHKO Brdy.
Kosatec sibiřský, foto Běla Komancová