CHKO Český ráj zaujímá plochu téměř 182 km2.  Je zřejmé, že na takto rozlehlém území ne každá jeho část bude stejně přírodně hodnotná. Aby byl nastaven odpovídající režim ochrany přírody a krajiny, je území CHKO Český ráj rozděleno do čtyř odstupňovaných zón ochrany, přičemž nejpřísnější režim je stanoven pro I. a II. zónu, kam jsou zařazeny nejcennější části přírody CHKO. V tomto území je snaha o minimalizaci lidských zásahů či maximálně šetrné způsoby hospodaření. Do I. a II. zóny bývají zpravidla zařazena i maloplošná zvláště chráněná území (přírodní rezervace, národní přírodní památky a přírodní památky) v CHKO. Volnější režim pak platí ve III. zóně, která zahrnuje člověkem značně pozměněné ekosystémy, které jsou hospodářsky běžně využívané. Najdeme zde nesouvislé zástavby sídel i intenzivně využívané lesní a zemědělské pozemky. Nejméně přísný režim ochrany má IV. zóna, kde je vliv lidské činnosti nejpatrnější (souvislé zástavby sídel, intenzivní hospodaření). Tato zóna je jakousi nárazníkovou zónou pro cennější jádrové části.

Konkrétní omezení v jednotlivých zónách jsou stanovena přímo zákonem č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny, další vychází z bližších ochranných podmínek CHKO Český ráj či konkrétních maloplošných zvláště chráněných území. Se způsoby využití a cíli ochrany v jednotlivých zónách a konkrétních lokalitách pak pracuje Plán péče o CHKO Český ráj.

Rozdělení území CHKO Český ráj do jednotlivých zón stanovuje Vyhláška MŽP č. 488/2004 Sb., o vymezení zón ochrany přírody Chráněné krajinné oblasti Český ráj.

I. zóna

zahrnuje území s nejvýznamnějšími přírodními hodnotami, zejména přirozené nebo málo pozměněné ekosystémy a další mimořádně hodnotná území.

  • cíl: uchování nebo postupná obnova samořídících funkcí a maximální omezení lidských zásahů
  • využití: nejjemnější formy hospodaření na loukách a v lesích, revitalizace toků, redukce turistických cest

II. zóna

zahrnuje území hospodářsky využívaných lesních a zemědělských ekosystémů s místně uchovalými přírodními hodnotami vhodná pro šetrné hospodářské využívání, území s mimořádně dochovanou lidovou architekturou.

  • cíl: udržení přírodních hodnot a zvyšování druhové a prostorové rozmanitosti ekosystémů
  • využití: šetrné formy hospodaření na loukách a v lesích, zatravňování orné půdy, zachování extenzivních sadů, redukce turistických cest

III. zóna

zahrnuje člověkem značně pozměněné ekosystémy, intenzivně využívané lesní a zemědělské pozemky a nesouvisle zastavěná území sídel s územní rezervou.

  • cíl: udržení a podpora využívání pro ekologicky optimalizované lesní hospodářství a zemědělství, ochrana typického krajinného rázu, vhodné formy turistiky a rekreace
  • využití: běžné lesní hospodaření s cílem dosáhnout co nejpřirozenější skladby, běžné luční a pastevní hospodaření s postupným převedením na ekologické zemědělství, protierozní opatření na orné půdě, výstavba respektující charakter osídlení a dotvářející krajinný ráz, využití území pro veřejnost na principech trvalé udržitelnosti

IV. zóna

zahrnuje člověkem poškozené části přírody a souvisle zastavěná území sídel s územní rezervou.

  • cíl: zabezpečení prostoru pro rozvoj obcí
  • využití: výstavba respektující charakter osídlení a dotvářející krajinný ráz, využití území pro veřejnost na principech trvalé udržitelnosti